Su paso por las inferiores de Independiente

El kun ya hacia la diferencia en inferiores la novena del rojo era capitaneada por el, sus gambetas y goles lo hicieron reconocido por todas las categorías de los demás clubes, algunos de los que lo sufrieron son:
En Novena

Banfield: El rojo gano por 4-1 con cuarteto del Kun (15/03/2002)

Rosario Central: Se acaba el partido, se escapa Sergio Kun Agüero, remata de zurda, gol y 2 a 1. Locura roja, pero contenida. Es que la victoria de Independiente está casi consumada, pero para festejar el título, debe esperar que San Lorenzo no gane. Final. (21/07/2002)

Newells: El rojo empata 1-1 en rosario con gol del Kun (23/08/2002).

Estudiantes: En el debut del kun en novena el rojo vapuleo 6-0 al pincha con tres de su cuenta personal.

Racing: Ya se empezaba a convertir en verdugo de la empresa, un derechazo desde afuera del área de Sergio Kun Agüero provocó que los presentes en Deportivo Español, donde Racing hizo de local, abrieran sus ojos tan grandes como una lechuza. Golazo. Chau bostezos y a disfrutar del juego de la categoría 88 del Rojo, ganadora del Apertura. Rojo 1- Racing 0 (22/09/2002)

Sub 17 neocelandés: Un combinado de Sexta, Séptima, Octava y Novena derrotó 7 a 0 a una selección de escuelas de Nueva Zelanda (Sub 17). Goleadores: Fabricio Núñez, Hugo Valenzuela, Julián Gay -2-, Sergio Kun Agüero, Gaspar Páez y Juan Vila. (04/10/2002) Velez Sarfield: Con gol de Sergio Kun Agüero, los dirigidos por Jorge Rodríguez empataron 1-1 contra Vélez por la 11 fecha del Clausura y están terceros, a cuatro de los líderes River y San Lorenzo. (01/11/2002)

Boca Juniors: Sergio Kun Agüero, la figura de la Novena de Independiente, cuando no la mete, se la deja servida a un compañero. El Kun, volvió loco a Boca. Participó en los tres goles y eso que no estaba al 100%. En la semana estuvo dos días sin entrenarse por un golpe en una rodilla. Sin embargo, esa molestia no fue impedimento para que desplegara todo su fútbol. El diez del Rojo fue el que pateó el tiro libre que Menecis no pudo contener y que Torresán transformó en gol. También fue el que le metió un pase magistral a Farías para que pusiera el segundo. Y el que pegó un tiro en el travesaño que De Pedro capturó para el tercero. Independiente quedó a un punto de River (tuvo fecha libre). El Rojo, campeón del Apertura, vuela alto. Sí, es un pájaro de buen Agüero.

San Lorenzo: El Rojo y San Lorenzo iban a jugar un partido suspendido del Clausura, el que ganaba se consagraba campeón, la igualdad consagraba a River Plate. El rojo empieza perdiendo 1-0 pero no decae, Sergio Kun Agüero desparrama rivales y su tiro besa el palo. Gouuuhhh. Otra vez individual del enganche y el palo vuelve a negar el festejo. Orellana prueba desde la media luna y... palo. Pero esta vez el rebote es del Rojo y el Kun la manda a guardar. ¡Gol! El grito sale desde el alma, pero por delante quedan 40 minutos, el partido termina igualado pero el rojo subcampeón de la mano del Kun evita que den la vuelta en su casa.

Estuvo muy arriba en la tabla de goleadores y en el torneo de novena llego a 18 tantos, siempre fue el encargado de los penales pero por decisión propia en el último tiempo le dejo la ejecución a Emiliano Molina.

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