Debut en Copa libertadores de América

A pesar de su temprano debut, Agüero no volvería a ser tenido en cuenta por Ruggeri ni por su remplazante Osvaldo Chiche Sosa en lo que restaba de ese año 2003. Su situación cambiaría con el retorno de José Omar Pastoriza a la conducción de Independiente. Siete meses después de su primer partido, Sergio volvía a vestir la camiseta roja, frente a Cienciano de Perú, por la Copa Libertadores 2004, convirtiéndose así también en el jugador más joven en disputar la Copa Libertadores (récord que mantuvo por tres años)

Volvió una noche Independiente. Y con toda la escenografía copera. La de siempre. La de toda la vida... Los brazos en alto apenas salió el equipo a la cancha por pedido expreso de José Omar Pastoriza, que de esto de jugar la Copa Libertadores sabe mucho. Y se mezclaron las emociones. Estuvo ese minuto de silencio para el Palomo Usuriaga (tres veces campeón en el club), asesinado anteanoche en Colombia; la entrada del gran Ricardo Bochini para recibir una plaqueta, y las demostraciones de cariño para repartir que tenía toda esa gente que fue a la cancha. Porque después de nueve años, Independiente volvía a la Copa Libertadores. Cualquiera que sepa lo que siente un hombre del Rojo de Avellaneda sabe que eso no es cosa de todos los días. Que hay que disfrutarlo.

Y con los pibes en la cancha, Hasta entró el Kun Agüero a los 69 minutos con sus 15 años, y después de nueve años Independiente volvió a la Copa goleando.